Durante la dominazione francese vale a dire ai principii del sec. XIX il Collegio soffrì danni gravi. Quel governo sotto forma di prestiti forzosi si appropriò di buona parte delle sue rendile ; i suoi Consoli furono sostuiti da un presidente di Farmacia, pur restando salvi i diritti de] Collegio come Corpo Accademico. Esso rimase sempre possessore dei suoi stabili ; ma, per volere del Governo, le adunanze furono tenute nel Palazzo della Sapienza. Tutto questo accadeva durante il Papato di Pio VII, uomo forte e tenace, che seppe con varia fortuna fronteggiare l’ardire e la prepotenza di Bonaparte.

Pio VII (Fig. 16), di buon sangue romagnolo era nato a Cesena nel 1742 dal Conte Scipione Chiaramonti e da Giovanna Chini; fu battezzato coi nomi di Gregorio, Bernardo, Luigi. Aveva studiato a Parma, poi nei collegio dei nobili di Ravenna: e appena sedicenne entrò nell’ordine dei Benedettini, pronunciando i suoi voti nel Monastero di S. Maria di Cesena il 20 agosto 1758. Insegnante di filosofia prima a Parma, poi di teologia dogmatica in quello di S. Anselmo a Roma, fu protetto dal Cardinale Braschi che gli era parente. Coprì molle cariche vescovili di grande importanza, dando prova di avvedutezza e di zelo. L’importante vescovado di Imola fu esemplarmente tenuto da lui per circa 16 anni. Intanto maturavano grandi avvenimenti. Le procellose vertenze che seguirono la Rivoluzione Francese non turbarono la fermezza del suo carattere. In quel periodo avvenivano due episodi importanti per la Santa Sede: i successi degli Austro-Russi in Italia e la morte di Pio VI (Braschi). Il conclave ebbe luogo a Venezia, allora in mano degli austriaci, e fu quanto mai laborioso. Il Cardinale Chiaramonti vi riuscì eletto Pontefice ed assunse il nome di Pio VII. Abbiamo accennato alle litigiose controversie svoltesi fra lui e Napoleone Bonaparte. Vi furono momenti di amicizia intensa, altri di odio profondo ed il Papa assistè alle feste dell’incoronazione del nuovo Imperatore, mentre aveva prima assaporata l’amarezza della prigionia.

Dopo la battaglia di Marengo, essendo Bonaparte tornato padrone d’Italia, intavolò trattative per far cessare dissidi fra lui e la Santa Sede. Inviava al Papa il Vescovo di Vercelli con tale proposta e con l’assicurazione che avrebbe ristabilito in Francia la religione cattolica ; onde Pio VII con lieto animo annunciava ai Vescovi le risorte speranze della Santa Sede.

Il 15 luglio fu steso il celebre concordato che. portava le firme del Cardinale Consalvi, dell’arcivescovo di Corinto e di Giuseppe Bonaparte. Nel riordinare a vita pacifica lo Stato della Chiesa, Pio VII ebbe anche un pensiero per il ” Nobile Collegio degli Speziali “, che reintegrò nel pieno possesso dei suoi secolari diritti. Fra le opere d’arte delle quali Roma è debitrice alla illuminata mente di questo Papa intelligente e fattivo, primeggiano la sistemazione di Piazza del Popolo e del Pincio sui disegni del Valadier e la fondazione del Museo Chiaramonti nei Palazzi Vaticani. La sua morte avvenne nel 1823 per una caduta che gli lesionò fortemente il femore. Fu sepolto in S. Pietro in una tomba costruita dal Thorwaldsen.